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蛋白質在生物學中扮演著重要的角色。因為蛋白質的電荷和大小不一樣，從蛋白質混合物中分離純化出有功能活性的蛋白質一直以來都是一個挑戰。在蛋白質純化方面得另一個挑戰是可以用來進行蛋白質純化的起始原料受到限制；有時只有微克量的蛋白質可以用于純化，使得目前大多數蛋白質純化方法不太適用。

在PEP 技術中，蛋白質混合物通過改進的一維和二維電泳技術進行*步分離，這個改進的方法提供了很好的分辨率同時仍能保持蛋白質的功能活性。接下來有效地將凝膠電泳中的蛋白質轉移到特殊設計的384 孔的蛋白質洗脫平板上。然后將PEP 平板上的樣品進一步轉移到另一個384 孔的主平板上，主平板中的樣品，其中的一部分樣品轉移到蛋白質功能分析平板中進行功能試驗來確定酶活性或蛋白質功能。對于有活性的樣品，可以從384 孔主平板中取得另一份樣品，通過標準的SDS-PAGE（聚丙烯酰胺凝膠電泳）來測試每個孔中的蛋白質的純度。如果需要的話，可以用質譜分析的方法來鑒定相應的酶或功能蛋白質，這些質譜分析用的蛋白質可以從含有純的蛋白質的孔內獲得或者從SDS-PAGE

凝膠中蛋白質帶獲得的。PEP 技術也能用于分析同源的酶家族成員從而獲得每個酶的功能圖譜（例如蛋白質激酶，蛋白磷酸酶，蛋白酶等），從原理上這個PEP 技術能對需要進行功能分析的任何蛋白質家族進行系統地分析鑒定從而更系統的研究它們的生物學意義。